一批日本天主教徒被帶到官員前，差役把一塊刻有聖母或耶穌的鐵板放在教徒前，命令踩踏這塊神聖的聖像上，這儀式被作「踏繪」，是江戶時代用作測試天主教徒的儀式。若受審者不願意踐踏聖像，則被視作天主教徒被捕受刑。

面對殘酷的迫害，不少天主教徒只能把信仰藏起來，躲在室內最隱匿的角落禱告。他們把佛教的觀音菩薩像當作天主教的聖母祈禱和禮拜，而這類觀音像被稱作「瑪利亞觀音」。教徒們祈禱的念珠，也是把細小的十字架綁在長長的佛珠末端。這些教徒們用盡一切的方法就是遮人耳目，避開所有幕府的追查，把自己的信仰保留下來。

然而，日本教徒們的苦難並不限於宗教上，他們的生活上同樣過得非常痛苦。由於江戶幕府把葡萄牙商船限制在長崎和平戶貿易，使原先依靠南蠻貿易的九州大名的財源大幅減少，於是轉向領地內的百姓加徵稅收，加上九州的島原和天草地區發生天災，令農民的生活雪上加霜。

在1637年，一名農民因交不起稅金，妻人被官員追走，結果引發九州天主教徒的動亂。他們推舉十六歲的少年天草四郎為首領，各地的教徒和忍無可忍的民眾紛紛加入起義軍，並且佔領荒廢的城堡——原城為據點。儘管江戶幕府數次出兵鎮壓，但都無能成功，於是包圍原城，並且命令荷蘭東印度公司炮轟【註一】。

被圍困在城內的起義軍飽受饑餓和炮火的折磨，傷亡慘重，最終幕府軍在1638年4月攻入原城，「島原之亂」被鎮壓。雖然幕府事後對施行惡政的大名問罪，但他們認為叛亂是受到天主教和傳教士影響，在1639年下令徹底中止與葡萄牙人的貿易。儘管澳門議事會在翌年（1640年）派出使團到長崎，希望日本重開貿易，但幕府不單沒有同意，甚至把使團人員處死。

自此之後，澳門與日本的南蠻貿易宣佈中斷。一批逃難日本的教徒躲藏在澳門聖保祿神學院背後生活，無法再返回日本。日本天主教似乎結束。 【註一】荷蘭東印度公司在1627年因出使日本失敗後，公司為了維持與日本的關係，於是轉為以幕府將軍的臣屬自居，不但每年派員到江戶參勤，也要履行將軍交待的任務，如1638年炮轟原城的天主教起義軍。

勞加裕