在葡萄牙船隻首次抵達日本的同一年（一五四二年），耶穌會士方濟各．沙勿略（Francis Xavier）也登上印度的土地。

「愈顯主榮」，這是沙勿略的好友依納爵（San Ignacio de Loyola）創辦的耶穌會所定下的格言。在十六世紀的歐洲，宗教改革的浪潮威脅教廷的權威，新成立的耶穌會以作為「反宗教改革」的一員，不但在歐洲創立學院和學校，培訓人材對抗基督新教的修會，同時把天主教向新發現的亞洲、美洲等地傳播，把上主的榮光照耀到世界各地，而沙勿略成為耶穌會派往亞洲的首批成員之一。

一五四二年抵達印度後，沙勿略為大批民眾施洗，他更稱在一個月內有上萬人付洗，似乎不久印度將成為天主教的地區，但他卻發現事情並沒有那麼簡單。雖然印度有大批歸化信徒，但傳教士們並不懂印度的語言和文化，只能依靠翻譯，使他們無法了解當地人的信仰、生活習慣和內心想法，大批印度天主教徒甚至連禱文的意思、天主是甚麼也不了解，使沙勿略對印度的傳教工作倍感挫敗。

一時的失望並未擊潰沙勿略的熱誠，他其後轉到東南亞傳教，並在一五四七年在葡萄牙控制的馬六甲遇上日本人彌次郎。這位日本人因為犯下殺人罪而逃離家鄉，透過遠東的貿易網絡輾轉來到馬六甲。就這樣，兩個原本生活在地球東西端的人在馬六甲相遇，沙勿略向彌次郎講述上主的福音，而彌次郎向沙勿略介紹自己的故鄉。彌次郎之後受洗，成為第一位日本天主教徒，沙勿略亦燃起向日本傳教的希望。 不過，傳教事業可不能靠一時的熱誠，沙勿略也吸取在印度的教訓，他在一五四九年決定隨葡萄牙人的商船前往日本，考察福音能在這片陌生的土地傳播。

勞加裕